Έπειτα από πρωτοβουλία τριών ομάδων (Νίκη Βόλου, Κενταύρος Βόλου και ΑΕΚ Βόλου) ιδρύεται η «Ένωσις Ποδοσφαιρικών Σωματείων Μαγνησίας-Θεσσαλίας» (ΕΠΣΜΘ) με την υπ. αρ. 853/28-6-1929 απόφαση του Πρωτοδικείου Βόλου και αναγνωρίζεται από την ΕΠΟ. Είναι η έκτη Ένωση της χώρας μετά από τις Ε.Π.Σ.Αθηνών, Ε.Π.Σ.Μακεδονίας, Ε.Π.Σ.Πειραιώς, Ε.Π.Σ. Αχαϊας, Ε.Π.Σ.Εύβοιας.
Εν συνεχεία μετονομάζεται σε «Ένωσις Ποδοσφαιρικών Σωματείων Θεσσαλίας» (ΕΠΣΘ) με την υπ. αρ. 1094/8/10/1929, απόφαση του πρωτοδικείου Βόλου. Πρώτος πρόεδρος ήταν ο Άγγελος Παπάζογλου πρόεδρος της Νίκης Βόλου.[3]
Η πρώτη περίοδος της ΕΠΣΘ δεν ήταν ρόδινη καθώς τα υπόλοιπα επίσημα σωματεία Τοξότης, Κεραυνός, ΠΑΟΚ, Νικομήδεια, Πηλέας για διάφορους λόγους αρνούνται να ενταχθούν και μάλιστα προχωρούν στη δημιουργία δικού τους φορέα. Τα πράγματα γίνονται ακόμα χειρότερα όταν σε αγώνα Κένταυρος-Νίκη στις 6-10-1929 οι μεγαλύτεροι σε ηλικία παίκτες του Κενταύρου χτυπούν τούς έφηβους ποδοσφαιριστές της Νίκης η οποία διαμαρτυρόμενη για την άνανδρη αυτή πράξη αποχωρεί και εκείνη. Τελικά αφού δεν γίνεται μετά από όλα αυτά επίσημο πρωτάθλημα την άνοιξη του 1930 τα σωματεία βάζουν στην άκρη τις διαφωνίες τους και αποφασίζουν να ενωθούν όλα υπό τη σκέπη της Ε..Π.Σ. Θεσσαλίας.
Η πρώτη ομάδα εκτός Βόλου που γίνεται μέλος είναι η Πελασγιώτιδα Λάρισας.
Το πρωτάθλημα της περιόδου 1930-1931 είναι το πρώτο επίσημο που γίνεται ενώ ο πρώτος αγώνας πρωταθλήματος στην ιστορία πραγματοποιείται στις 24-11-1930 μεταξύ Κεραυνού και ΑΕΚ .[4]
“Το νερό έχει μπει πλέον στο αυλάκι” και παρά τις προστριβές (που συνέχιζαν να υπάρχουν) και την διετή στασιμότητα 1934-1935 (όπου τα πρωταθλήματα δεν ολοκληρώθηκαν), η Ε.Π.Σ. Θεσσαλίας συνεχίζει να υπάρχει ως τις μέρες μας.
Το 1960 οι ομάδες της Λάρισας αποσχίστηκαν ιδρύοντας την Ε.Π.Σ. Λάρισας. Το 1968 έγινε η δεύτερη απόσχιση οπότε και ιδρύθηκε η Ε.Π.Σ. Καρδίτσας. Το 1974 πραγματοποιήθηκε η τελεταία απόσχιση και δημιουργήθηκε και η Ε.Π.Σ. Τρικάλων.